Forum archeologii zawodowej - archeologia.org.pl

Stysz

To była informacja dotycząca postępu w technologii ekstrakcji DNA – nie napisałem, że dotyczy starożytnego DNA, widzę, że się Panom uruchamia czerwona lampka na wszystkie informacje naukowe, jakie zamieszczam na forum. Nie mniej może metoda ta, lub podobna, – bo jak tam podają to ledwie prototypowa jej postać znajdzie zastosowanie także przy ekstrakcji DNA starożytnego. Może jeszcze za naszego życia do ekstrakcji DNA wystarczy mała buteleczka specjalnego ekstrakcyjnego płynu, do jednorazowego zastosowania!!! Którą to nosić będziemy w kieszeni? Ekstrakcja odpowiednich fragmentów DNA będzie równie skomplikowana, co badanie PH wody, lub test ciążowy.

Trochę wyobraźni. To już przemysł - rewolucja podobna do tej w informatyce.

Krzyczą !!! Panowie tak, jakby to z góry odrzucali. Przecież to nie są kłamstwa – to najnowsze osiągnięcia biochemików. Każde podobne zamieszczać będę na tym forum. Nie ma, co się tak denerwować, takich doniesień będzie coraz więcej – z uwagi na przyśpieszenie postępu w dziedzinie badań nad DNA – bynajmniej nie mojej złośliwości. Ta czerwień na nic się nie zda, nie mam wpływu na postęp.

Miłych snów.

Uzytkownik

Stysz

Mam, zatem kilka pytań.

1. Autorzy podają, że do największej ilości zanieczyszczeń dochodzi przed dostarczeniem próbki do laboratorium. Czy zatem postęp umożliwiający ekstrakcję DNA już na stanowisku archeologicznym (już na etapie eksploracji) nie zlikwiduje większości źródeł zanieczyszczeń? Opracowywane nowe techniki ekstrakcji nie wykluczają takiej możliwości, powiedziałbym, że nawet dają nadzieję na taką „polową ekstrakcję”. Podobnie jak informacje o tych Mamutach, to ważna informacja, że włosy stanowić mogą źródło pozbawianego zanieczyszczeń DNA. Czasem się zdarzają przecież różnego rodzaju mumifikacje także u ludzi – nie tylko mamutów.

2. Nowe techniki ekstrakcji DNA w sposób czysto mechaniczny odsiewają zanieczyszczenie DNA odzwierzęce, bakteryjne itd. To także duży postęp. To oznacza, że problemem już jest wyłącznie zanieczyszczenie ludzkim DNA.

3. Coraz częściej dowiadujemy się, że DNA współczesnego człowieka posiada wiele „współczesnych” mutacji. Zatem dzięki temu można będzie zapewne wykluczyć sporą część zanieczyszczeń współczesnym DNA. Jeśli badając DNA kości neolitycznych, badacze stwierdzą obecność współczesnych mutacji – znaczy, że próbka została zanieczyszczona.

To nie jest dyskusja o tym, że zanieczyszczeń nie ma i że nie stanowią one problemu – tylko o tym czy można ich unikać oraz je identyfikować. Skoro najwięcej zanieczyszczeń powstaje w drodze do laboratorium oraz w skażonych laboratoriach – to należy tę drogę wykluczyć, zaś ekstrakcję DNA przeprowadzać w miejscu odkrycia szczątków. Może będzie tak, że kiedyś w przyszłości w badaniach archeologicznych uczestniczyć będzie genetyk tak jak dziś czasem uczestniczy paleobotanik.

Co z tego, że daję przykład dotyczący badań DNA sierści mamuciej, skoro takie same właściwości ma także kerotyna ludzkich włosów. Podano tam, też ważną informację z uwagi na temat zanieczyszczeń, powiedziano, że zastosowanie zewnętrznie na taką sierść środków niszczących DNA nie niszczy DNA zawartego wewnątrz włosa, to rewelacja!!! Zatem, sterylizujemy próbkę, niszcząc wszelkie zanieczyszczenia, nie niszcząc tego, na czym nam zależy.

Co z tego, że nowa technika ekstrakcji DNA znajdzie głównie zastosowanie na potrzeby tworzenia szybkich testów na zmutowane geny, zapewne przyczyniając się do szybkiego diagnozowaniu wielu chorób nowotworowych oraz innych schorzeń o podłożu genetycznym, może pozwoli też na „polową” ekstrakcję DNA?

Panowie z góry zakładają, że opisywane przykłady postępu badawczego nie mają prawa znaleźć miejsca w badaniach palegentycznych. Na jakiej podstawie ta pewność?

Staram się zawsze wybiegać w przyszłość, kojarzyć pewne fakty, szukać różnych zastosowań dla nowinek technicznych i naukowych, dlatego też ziajałem się tym, czym zająłem.

Po co Panowie rozpoczynają dyskusję na jakiś temat, skoro nie zamierzają wysłuchiwać dyskutantów? Agresywnie ich atakując, gdy zamieszczają interesujące przykłady, w tym wypadku na ograniczenie zanieczyszczeń DNA. Zaczynam podejrzewać jakieś kompleksy.

Uzytkownik

Stysz

Zaraz usłyszę, że znowu nie chodzi o Homo sapiens, ale mimo to, zważywszy, ze jednak chodzi o unikanie zanieczyszczeń obcym DNA zacytuję fragment z "Dziennika".

[link widoczny dla zalogowanych]

algien

Zapraszamy na kolejne posiedzenie Multidyscyplinarnego Zespołu Uniwersytetu Warszawskiego i Państwowego Muzeum Archeologicznego do Badań nad Osobliwością Natury Gatunkowej Człowieka,
które odbędzie się 18 stycznia 2008 roku o godz. 11:00 w Sali Senatu UW.
Na posiedzeniu, po uczczeniu minutą ciszy pamięci ŚP. Adama Druksa,
Prof. Piotr Węglęński wygłosi wykład:
"Ewolucja człowieka oczyma biologa molekularnego"
Posiedzenie zakończy się ok. godz. 14:00.

femur7

W ostatnim numerze Archeologia Polski (2007) ukazał się artykuł Henryka Witasa o starym DNA. Przeczytałem i WARTO PRZECZYTAĆ!

Uzytkownik

A kolejny pewnie ukaże się w 2010 roku, gdyby to był test na inteligencję, zaryzykowałbym odpowiedź, że też w AP Wink

Blum85

Na początku chciałbym wszystkich powitać,
Lektura powyższego wątku zmusiła mnie do zabrania głosu, jako osoba zajmującą się na co dzień identyfikacją osobniczą stykam się na co dzień z materiałem kostnym.
- W dyskusji pojawiły się tezy jakoby badania "Starożytnego DNA" różniły się od badań współczesnych szczątków. Otóż jako praktyk nie widze różnicy w badaniu szczątków szkieletowych sprzed 2500 a np. sprzed 2 lat. Podejmowane metody izolacji i amplifikacji DNA są takie same, zachowanie czystości pracy także.
- Zrobotyzowanie izolacji DNA z materiału kostnego na tym etapie na jakim jesteśmy jest niemożliwe, ponieważ roboty, które używamy do izolacji są programowane standardowym protokołem izolacji DNA używa się ich do izolacji DNA z materiału porównawczego i z "świeżych" próbek DNA. Izolacja z materiału kostnego wymaga osobnego podejścia do każdej próbki, przedłuża się czas trawienia, zwiększa się ilości buforów lizujących, ilości proteinazy K itd. Czas izolacji pojedynczej próbki z takiego materiału trwa od kilku dni do 3 tygodni, dla porównania izolacja z materiału " świeżego " jest procesem trwającym od kilkudziesięciu minut do kilku godzin w zależności od zastosowanej metody.
- O izolacji DNA z materiału kostnego po spaleniu uważam, że można zapomnieć nawet jeśli zachowały się większe fragmenty materiału kostnego to szansa, że zachowały się w nim jakieś dłuższe fragmenty DNA jest równa O.
- Jeżeli chodzi o „kontaminację” to przy badaniach jądrowego DNA jest bardzo prosty sposób aby jej uniknąć należy sprofilować wszystkie osoby mające kontakt z badanym materiałem i jeżeli którejś z osób profil pojawi się w badanych próbkach to wiemy kto „napluł” nam do próbek. Ogólnie przy zachowaniu podstawowych reguł pracy w lab. molekularnym są nikłe szanse kontaminacji. Badając tysiące próbek rocznie nie stwierdzamy w nich kontaminacji. Najczęstszym źródłem kontaminacji jest podejmowanie szczątków kostnych bez jednorazowych rękawiczek.
-Co do badań DNA na miejscu wykopalisk to raczej nie ma takiej możliwości tzn. jeżeli kogoś stać na zakup mobilnej stacji diagnostycznej to jest Smile

- kolejnym problemem to jest to czego archeolodzy oczekują od DNA, badania pokrewieństwa i populacyjne przeprowadza się zestawami do identyfikacji osobniczej których markery mają rozpiętość od około 100bp do 450 bp są one wyjątkowo krótkie i dzięki temu można takie badania prowadzić, uzyskiwanie z materiału starożytnego większej ilości DNA jest wyjątkowo trudne.
- Jeżeli chodzi o badania mtDNA to łatwiej jest je pozyskać z badanych kości ze względu na większą ilość kopii w komórce niż DNA jądrowego ale po pierwsze jest ono zmienne nawet w obrębie jednej tkanki a po drugie do badan pokrewieństwa to średnio się nadaje, i kontaminacja jest trudna do wykrycia.
mam nadzieje, że udało mi się wyjaśnić kilka wątpliwości
Andrzej

Uzytkownik

Również witam. Obawiam się, że dużo nie podyskutujemy, bo forum jest od kilku miesięcy prawie martwe.

Blum85

jeżeli chodzi o materiał do badań to wymaz jest najłatwiejszym dostępnym materiałem z którego najłatwiej i najszybciej izoluje się DNA.
Nie przesadzałbym z tą kontaminacją a tym bardziej z "latającym wszędzie DNA" jak już pisałem należy zachować standardy pracy w pracowni genetycznej i to wystarcza a do tego dochodzi kontrola uzyskiwanych wyników bez niej nie możemy w ogóle mówić o jakichkolwiek wynikach.
Zresztą pracownie genetyki sądowej są szczególnie uwrażliwione na możliwość kontaminacji i wszystkie kontrolują uzyskiwane wyniki profilując personel. Moim zdaniem kontaminacja stała się łatwym sposobem na wyjaśnienie niepowodzeń w procesie izolacji.
Protokół izolacji jest ogólnie znany został poddany modyfikacjom, zresztą tak jak już pisałem zmienia się go w zależności od badanej próbki.
Największym problemem z jakim się spotykamy to nieumiejętne pobranie materiału na wykopie i tragiczny sposób przechowywania po jego wydobyciu. W naszych badaniach najczęściej sami podejmujemy materiał i przewozimy go do laboratorium, dzięki temu uzyskujemy profile bez większych problemów. A z materiału, który przeleżał sobie kilaka miesięcy albo kilkadziesiąt lat w kartonach w temp. pokojowej to raczej niewiele można uzyskać, oczywiście udaje sie badać taki materiał ale koszty i czas jaki należy poświęcić tym badaniom jest niewspółmierny do uzyskiwanych wyników. Badania takie są podejmowane ale w większości przypadków w sprawach wyjątkowej wagi, np. w przypadku identyfikacji czaszki Katyńskiej należącej do Ludwika Szymańskiego.
.

Blum85

A co do cudów to zdążyliśmy się do nich przyzwyczaić dokonujemy ich średnio 5 razy w miesiącu Laughing